Excluir archivos en Eclipse.

Para excluir de revisión archivos en el IDE Eclipse debe ir a:

Project Properties > JavaScript > Include Path > Source

En esa nueva ventana existe una opción del menú llamada: Excluded

Seleccionar esa opción y pulsar el boton: Edit

En la nueva ventana seleccionar el boton: Add Multiple y seleccionar todos los archivos que requiera excluirse.

Fuente:

http://stackoverflow.com/questions/4867885/how-to-exclude-a-javascript-file-from-javascript-validation-in-eclipse